使用桌上型 MALDI-TOF 質譜儀依據胜肽質量指紋 (PMF) 進行二維膠體電泳的蛋白質鑑定
使用液相層析質譜儀的霰彈式蛋白質體學技術 (Shotgun Proteomics) ，是目前主要的高通量方法，以鑑定細胞質中的許多不同蛋白質。然而，這類技術不一定適用於鑑定所有蛋白質，尤其是處理以二維電泳等方法分離的蛋白質時，電泳膠體測得的蛋白質點，必須再與蛋白質鑑定結果相連結。對於這類分析，很多情況下從膠體分離的蛋白質點經酶處理後，可使用 MALDI-TOF 質譜儀進行分析，效率會高於液相層析質譜儀。本文舉例說明使用二維電泳及桌上型 MALDI-TOF 質譜儀，進行蛋白質鑑定。
血清蛋白二維電泳分析
將 0.5 μL 人類血清稀釋於 100 μL 水中。加入甲醇/氯仿/水 (3:1:4) 溶液後，而後以完整的溶液離心以萃取蛋白質。然後將萃取出的蛋白質以甲醇清洗並乾燥。二維電泳用的緩衝溶液 (Swelling Buffer，SHARP)，與還原劑及雙性電解質混合後加入蛋白質樣品中，使用 Auto2D (SHARP) 進行二維電泳。第一維及第二維電泳的進行時間略低於兩個小時。電泳完成後的膠體使用 CBB (InstantBlue, Expedeon Ltd.) 染色，以檢測蛋白質點 (請見圖1)。
圖 1. 人類血清蛋白二維電泳膠體影像上的紅圈：分離的點
Benchtop MALDI-TOF MS "MALDI-8020"
主要特點：
- 線性模式 (正離子) MALDI-TOF
- 200 Hz 固態雷射，355 nm
- 樣品承載室快速導入樣品
- UV 雷射離子源清潔功能 (專利)
- 桌上型設計
- 運轉低噪音 (<55 dB)