產品諮詢
IMAGEREVEAL MS - 技術支援
IMAGEREVEAL MS 質譜影像分析軟體
使用者指南/故障排除 (PDF 檔案)
1. 簡介
2. 分析之前
2-1 設定儲存暫時數據集檔案的檔案位置 (僅限初次啟動時)
3. 分析
3-1 找尋區域之間不同的成分
3-1-1 找尋區域之間不同的成分 - 檢定
3-1-2 尋區域之間不同的成分 - PCA
3-1-3 找尋區域之間不同的成分 - PLS
3-1-4 儲存 ROI 的形狀
3-1-5 ROI 設定：新增屬性
3-2 在樣品切片內視覺化
3-2-1 在樣品切片內的定位 (相似影像抽取)
3-2-2 影像對位
3-2-3 在樣品切片內的定位 (影像分類)
3-2-4 分段
3-4 質譜影像相關操作
3-4-1 重疊成像
3-4-2 合併多重影像的計算
3-4-3 複製質譜影像的設定
3-4-4 標記 (色彩編碼)
3-4-5 輕易檢查質譜影像的方法
3-4-6 調整質譜影像
4. FAQ
4-1 使用輔助說明功能
4-2 錯誤訊息_標定進行處理的參考影像
4-3 若未顯示 P 值等統計資料
4-4 若未出現盒形圖
4-5 若在非目標分析中指定分格寬度時，您無法輸入小數值
4-6 將相同的色彩條紋設定指派到多重影像
4-7 若使用多重資料檔案的鑑別分析時，發生難以找出影像之間的差異
4-8 從 imzML 轉換過來的 IMDX 檔案發生問題
4-9 圖譜上的 Y 軸刻度看起來不對
4-10 如何改變使用中的加成離子
4-11 改變未量測點的顏色 (包括透明度)
4-12 若您想知道 ROI 內的資料點數量 (面積)
4-13 若無法匯入 IMDX 檔案且出現錯誤代碼 1101
4-14 FT-MS 資料轉換
4-15 MS/MS 圖譜正規化 (normalization) 功能
4-16 從質譜影像清單批次複製或匯出多重影像
4-17 如何檢索 PCA 結果
4-18 偏最小平方法 (PLS)
4-19 縮減資料大小
4-20 如何在 ROI 內僅建立質譜影像
4-21 質譜影像加上重疊 ROI
4-22 刻度
4-23 TOF-MS 資料轉換
4-24 依據特定 m/z 影像設定 ROI
4-25 轉換 Thermo Fisher RAW 檔案
4-26 How to convert imdx file to imzML file
樣品數據下載
- 小鼠肝臟樣品數據 (用於基本分析) Mouse_Liver_Basic.zip
- 小鼠肝臟樣品數據 (用於定量分析) Mouse_Liver_Quant.zip
- 小鼠睪丸樣品數據 (用於鑑別分析和影像分析) Mouse_Testicle.zip
- 酵母菌樣品資料數據 (用於篩檢) Yeast_Screening.zip
資料格式/資料轉換
IMAGEREVEAL MS 可讀取 IMDX 檔案。
以下 3 種檔案格式可以使用此軟體中包含的「IMDX Converter」功能，轉換為 IMDX 檔案。
1. kbd
這是由 iMScope 系列儀器擷取的質譜影像數據格式。
- 無法轉換 iMScope 系列儀器擷取的 kbd 檔案，除非已安裝 LCMSolution (版本3.81 或較新版本)。
2. Analyze 7.5
這是從 AXIMA 系列匯出的資料格式。
- 不支援非 AXIMA 系列匯出的 Analyze 7.5 格式資料。
- 若總點數不超過 38,000 點，且 m/z 範圍 5 至 500,000，則可將 Analyze 7.5 檔案轉換至 IMDX 檔案。
3. imzML
這是質譜影像常用的資料格式。
- 此數據格式可以直接載入 IMAGEREVEAL MS。「已處理 (Processed)」類型的 imzML 格式檔案轉換為 IMDX 檔案時，會針對已設定的取樣間隔 (或峰寬度，若原始資料中設定為質心) 進行插值，且會為所有量測點的相同取樣位置，儲存輪廓資料 (profile data)。因此並不會完全符合原始資料的取樣位置。
- 非從 MALDI-7090 匯出的「imzML」格式資料，可能無法轉換至 IMDX 檔案。無法保證MALDI-7090 以外儀器產生之「imzML」格式數據能順利轉換。若您使用 imzML 格式數據，請先使用試用版本檢查操作。 → 資料轉換實際結果 (英文) （PDF 檔案）
- 「imzML」格式數據包含「連續 (Continuous)」或「已處理 (Processed)」類型的輪廓資料。已確認此產品使用「已處理」類型為質心數據的操作。質心數據轉換為 IMDX 格式時，會轉換為輪廓資料。 → 質心或輪廓？ (英文) （PDF file）
- 可轉換為 IMDX 檔案的 imzML 檔案，在 X 和 Y 方向的點計數分別不超過 65,535 點，且 m/z 範圍 5 至 500,000。
此軟體是九州大學先端融合醫療育成中心和田邊三菱製藥公司合作研究的成果。
IMAGEREVEAL、iMScope TRIO、AXIMA 和 MALDI Solutions 是 Shimadzu Corporation 的商標。
Windows 為 Microsoft Corporation 於美國或其他國家的註冊商標或商標。
Intel、Intel Core 和 Xeon 是 Intel Corporation 或其附屬公司的商標。
注意：特定預處理方法或建立樣品以使用此軟體取得或處理資料，可能需要第三方專利擁有者的授權許可。
(安裝此軟體並未構成此類許可。) 有關從第三方專利擁有者取得授權之必要性，我們建議諮詢專家或專利權擁有者。