Advance Cell Culture Media Analysis and Monitoring By LC-MS/MS
LC/MS/MS 細胞培養成分分析方法包 Ver. 2
LC/MS/MS Method Package for Cell Culture Profiling Ver. 2
同時進行 125 種化合物分析
本方法包能在 20 分鐘內分析每個樣品中的 125 種化合物。分別對每個化合物 (如胺基酸和維生素) 進行分析，分析細胞的培養成分是非常費力，但使用這個方法包，可以同時分析大量培養基成分和其分泌的代謝物。
與之前的版本相比，添加了多種來自胺基酸、核酸和 TCA 循環的代謝物，可以收集更全面的分析資訊。
培養基分析的最佳化分析方法
預設的分析條件充分發揮了三重四極桿質譜功能來分析微量成分，例如維生素。另一方面，藉由調整分析條件，使得高濃度的葡萄糖或胺基酸成分不會過飽和。從同一個樣品瓶中可以量測多種培養基成分。
註：必須建立稀釋系列以進行準確定量。
分析培養上清液
馬上可以使用的方法
無需耗時的準備工作即可開始分析，例如最佳化每種化合物的 MS 參數或 LC/MS/MS 分析條件。
出色的數據分析功能
使用 Multiomic 分析包，可以輕鬆直接地在條形圖上比較化合物數量的變化，在折線圖上顯示隨時間的變化等。
它還包括易於實施的相關性分析、volcano plots 等功能，顯著減少了數據分析和可視化等瓶頸過程所需的時間。從量測到數據分析的整個工作流程變得更加順暢和高效。
使用方法包獲得的數據可以插入包含的代謝圖中。然後在條形圖上比較化合物數量或在折線圖上顯示隨時間的變化很簡單。
本方法包中的數據分析軟體是基於 GARUDA™ 開放研究平台上發布的工具 (小工具) 開發的，該平台主要由日本系統生物學研究所 (SBI) 管理。
方法包中使用的數據分析工具
Volcano Plot
結合了 t-test (統計顯著差異) 和折疊分析的工具 (範例：平均值的差異 (例如 2 倍或 1/2) 以可視化 2 組之間的差異。由 Shimadzu 開發的 Volcano Plot 小工具包含在軟體包中。
VANTED
德國康斯坦茨大學維護的工具，用於跨不同資料集的網絡可視化和分析。(GARUDA 支援是由澳洲蒙那許大學開發)
iPath
由歐洲分子生物學實驗室開發的數據分析工具，可用於多種代謝途徑的可視化或數據映射和自訂。
Cytoscape
由 Cytoscape Consortium 開發的生物資訊學工具，用於視覺化代謝途徑、將基因表現譜與相關數據整合等，對於分析網路和視覺化相關性尤其實用。
記錄的化合物清單
| 胺基酸及其代謝物 | 群組 |
|---|---|
|
5-Oxoproline
Alanine Asparagine Aspartic acid Glutamic acid Glutamine N-Acetylaspartic acid 4-Aminobutyric acid 4-Hydroxyproline Arginine Citrulline Ornithine Proline Putrescine Argininosuccinic acid 2-Aminobutyric acid 5-Glutamylcysteine 5'-Methylthioadenosine Cystathionine Cysteine Cystine Glutathione Homocysteine Methionine Methionine sulfoxide N-Acetylcysteine Oxidized glutathione S-Adenosylhomocysteine Glycine Serine Threonine 1-Methylhistidine 3-Methylhistidine Histidine Urocanic acid 2-Aminoadipic acid Hydroxylysine Lysine Pipecolic acid Saccharopine 3-Hydroxyanthranilic acid 5-Hydroxytryptophan Anthranilic acid Formylkynurenine Hydroxykynurenine Indole-3-acetic acid Kynurenic acid Kynurenine
Serotonin Tryptophan 4-Hydroxyphenyllactic acid Phenylalanine Tyrosine 3-Hydroxyisobutyric acid 3-Methyl-2-oxovaleric acid Isoleucine Leucine Valine Alanyl-glutamine Glycyl-glutamine |
Ala, Asp and Glu MT
Ala, Asp and Glu MT Ala, Asp and Glu MT Ala, Asp and Glu MT Ala, Asp and Glu MT Ala, Asp and Glu MT Ala, Asp and Glu MT Arg MT Arg MT Arg MT Arg MT Arg MT Arg MT Arg MT Arg MT Cys and Met MT Cys and Met MT Cys and Met MT Cys and Met MT Cys and Met MT Cys and Met MT Cys and Met MT Cys and Met MT Cys and Met MT Cys and Met MT Cys and Met MT Cys and Met MT Cys and Met MT Gly and Ser MT Gly and Ser MT Gly and Ser MT His MT His MT His MT His MT Lys MT Lys MT Lys MT Lys MT Lys MT Trp MT Trp MT Trp MT Trp MT Trp MT Trp MT Trp MT Trp MT
Trp MT Trp MT Tyr MT Tyr MT Tyr MT Val MT Val MT Val MT Val MT Val MT — — |
| 其他 | 群組 |
|---|---|
| 2-ketoglutaric acid Acotinic acid Citric acid Fumaric acid Isocitric acid Lactic acid Malic acid Pyruvic acid Succinic acid Penicillin G 2-Aminoethanol Glyceric acid NAD O-Phosphoethanolamine Taurine |
TCA Cycle TCA Cycle TCA Cycle TCA Cycle TCA Cycle TCA Cycle TCA Cycle TCA Cycle TCA Cycle Antibiotics — — — — — |
| 核酸及其代謝物 | 群組 |
|---|---|
| Adenine Adenosine Adenosine monophosphate Deoxyadenosine Deoxyadenosine monophosphate Deoxyguanosine Deoxyguanosine monophosphate Guanine Guanosine Guanosine monophosphate Hypoxanthine Inosine Inosine monophosphate Uric acid Xanthine Xanthosine Xanthosine monophosphate 3-Aminoisobutyric acid 3-Aminopropanoic acid Cytidine Cytidine monophosphate Cytosine Deoxycytidine Deoxycytidine monophosphate Orotic acid Thymidine Thymidine monophosphate Thymine Uracil Uridine Uridine monophosphate |
Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT |
| 糖類 | 群組 |
|---|---|
| Gluconic acid Hexose (Glucose) Sucrose Threonic acid |
— — — — |
| 維生素 | 群組 |
|---|---|
| Riboflavin Niacinamide Nicotinic acid Pantothenic acid 4-Pyridoxic acid Pyridoxal Pyridoxalphosphate Pyridoxine Biotin 4-Aminobenzoic acid Folic acid Choline Ascorbic acid Cyanocobalamin Lipoic acid |
B2 B3 B3 B5 B6 B6 B6 B6 B7 B9 B9 B12 C Vitamin-like Vitamin-like |
| 內部標準品 | 群組 |
|---|---|
| 2-Isopropylmalic acid | — |
備註及注意事項
- LabSolutions LCMS 軟體版本需為需為 5.97 或更新版本。
- 使用者需要使用標準樣品進行適當的品管測試，以確認通過資料庫獲得的定性和定量資訊。
LabSolutions 為 Shimadzu Corporation 的商標。
GARUDA 是 The Systems Biology Institute 的商標。
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